Portuqaliya çayları kifayət qədər sıx bir şəbəkə təşkil edir. Duero, Tajo və Guadiana kimi böyük çaylar Portuqaliya ərazisindən keçir. Ölkənin çayları qışda və payızda suyun səviyyəsinin qalxması, yayda isə azalması ilə xarakterizə olunur.
Tagus çayı (Tahoe)
Tagus, iki ölkənin ərazisindən keçən bütün Pireney yarımadasının ən böyük çaylarından biridir: İspaniya və Portuqaliya. Çayın mənbəyi İspaniyadır, amma indi Tagus Atlantik sularına axan Lissabon (Portuqaliya) torpaqlarında bitir.
Cərəyanın ümumi uzunluğu 1038 kilometrdir. Eyni zamanda, 716 kilometr İspaniya torpaqlarından keçir. Sonra cərəyanın 47 kilometri təbii sərhəd rolunu oynayır, qalan 275 kilometr isə Portuqaliya ərazisindən keçir.
Portuqaliya ərazisində çay Tagus, İspaniyada Tagus adlanır. Birləşmə yeri, Tagus ağzı ilə səhvən Mar da Paglia Körfəzinin sularıdır.
Sadu çayı
Sadu, ölkənin əsas çaylarından biridir. Çayın mənbəyi Serra de Caldeiran dağlarının yamacındadır. Çayın ümumi uzunluğu 180 kilometrdir. Sado ölkəni cənubdan şimala keçir və Atlantik Okeanının sularına (Setubal şəhəri yaxınlığında) bağlanaraq səyahətini tamamlayır. Çay bir neçə bələdiyyənin torpaqlarından keçir: Orique; Santiago do Cacén; Grandola; Ferreira do Alentejo; Alcacer do Sal.
Çayın üzərində bir neçə bənd var və bu su anbarlarının ehtiyatlarından düyü və qarğıdalı sahələrinin suvarılması üçün istifadə olunur. Çayın kənarında tərəvəz və meyvələr də yetişdirilir. Yalnız bu yerlərdə rast gəlinən çayın ağzında çox nadir bir delfin növü yaşayır.
Zezere çayı
Zezere, Portuqaliya ərazisindən keçən bir çaydır. Çayın mənbəyi Cantaro Magro yaxınlığındakı Serra da Estrela dağlarında (dəniz səviyyəsindən 1900 metr yüksəklikdə) yerləşir.
Cərəyanın ümumi uzunluğu 242 kilometrdir. Çay Tagus suları ilə birləşərək yolu bitir. Çay hövzəsinin sahəsi 5043 kvadrat kilometrdir. Zezerenin bir neçə qolu var və çayın özündə üç hidroelektrik stansiyası tikilmişdir (hər il 700 milyon kilovat-saat enerji istehsal edir).
Mondego çayı
Mondego çayı yalnız Portuqaliyadan keçir və ümumi uzunluğu 234 kilometrdir. Çayın mənbəyi Serra da Estrela dağlarının yamaclarındadır və birləşmə yeri Atlantikanın sularıdır (Figueira da Foz bölgəsi).
Mondego, Portuqaliya ərazilərindən keçən ən böyük çaydır. Sahillərində yerləşən ən böyük şəhər Coimbradır.
Tamega çayı
Tamega, Douro çayının bir qoludur və İspaniya və Portuqaliya torpaqlarından keçir. Cərəyanın ümumi uzunluğu 145 kilometrdir. Tamega mənbəyi İspaniya torpaqlarında (Galicia bölgəsi) yerləşir və bundan sonra Portuqaliyaya "gedir".
Çay bir neçə yerdə bəndlərlə bağlanmışdır ki, bu da əksər sahələrdə naviqasiya üçün yararsızdır.