Tacikistan çayları axar və əsasən Aral hövzəsinə aiddir. Və yalnız bir neçəsi Karakul gölünün və ya Tarima çayının sularına axır.
Amu Dərya çayı
Amudərya kanalı bir anda dörd ölkənin ərazisindən keçir - Əfqanıstan, Tacikistan, Özbəkistan və Türkmənistan. Kanalın ümumi uzunluğu 2400 kilometrdir. Bunlardan 1415 kilometri ölkə ərazisindən keçir. Amudəryanın mənbəyi iki çayın - Vaxş və Pəncin birləşməsindən əmələ gəlir. Çayın ağzı Aral dənizinin sularıdır (qovuşanda böyük bir delta əmələ gətirir).
Çayın yaxınlığında çox az qol var. Orta hesabla Amudərya Kafirnigan, Surxandarya və Şerebad sularını, eyni zamanda bir sol qolu - Kunduz çayını alır. Və əlavə olaraq, birləşmə yerinə qədər, heç bir qolu yoxdur. Çayın suları fəal şəkildə istifadə olunur və buna görə də Amudərya Aral dənizinə çatmır. Qurudulmasının səbəblərindən biri də məhz budur.
Amudəryanın sularında kifayət qədər fərqli balıq növləri vardır: asp; keçəl adam; aral balığı; çuğundur; sabrefish; gümüş sazan; Ağ amur; nifrət.
Vanc çayı
Çaylardan biri, kanalı yalnız Tacikistan ərazisindədir. Pənc çayının sağ qoludur. Çayın ümumi uzunluğu 103 kilometrdir. Mənbə iki çayın birləşməsindən əmələ gəlir - biri Vanç silsiləsinin buzlaqlarından, digəri Elmlər Akademiyası silsiləsindən (qərb yamacı) enir. Kanal Vanç və Darvaz silsilələri arasında keçir.
Kaşkadərya çayı
Ərazi olaraq çay yatağı Tacikistan (Suğd bölgəsi) və Özbəkistan (Kaşkadərya bölgəsi) torpaqlarından keçir. Şərti olaraq, çayın üç adı var: yuxarı axınlarda - Obixunda; orta kurs - Shinachasai; aşağı - Maimanakadarya.
Kanalın ümumi uzunluğu 378 kilometrdir. Çayın mənbəyi dəniz səviyyəsindən 2960 metr yüksəklikdədir və iki adsız çaydan əmələ gəlmişdir. Əsas qolları: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Güzardərya
Muksu çayı
Kanalın ümumi uzunluğu 88 kilometrdir. Muksu Tacikistanın Cirqatal bölgəsində yerləşir. Mənbə iki çayın birləşməsidir: Seldara və Sauksoy (Fedçenko və Bolşoy Saukdar buzlaqları).
Kuzylsu çayı
"Qırmızı çay" mənasını verən Qızılsu Qırğızıstan və Tacikistan ərazisindən keçir. Mənbə Trans-Alay silsiləsinin yamaclarıdır. Kanalın ümumi uzunluğu 235 kilometrdir. Muksu çayı ilə birləşməsində Vaxş çayının yaranmasına səbəb olur.
Vaxş çayı
Çay kanalının ümumi uzunluğu 786 kilometrdir və hamısı Tacikistan ərazisindən keçir. Çayın mənbəyi Pamirin yamaclarında yerləşir, lakin Pənc çayının suları ilə birləşdiyi yer böyük Amudəryanı əmələ gətirir. Çay həm suvarma, həm də enerji istehsalı üçün əsas mənbəyidir.